通風柜的管道設計需要考慮風機的成本、排氣物質的種類、風速、噪音、管道直徑、長度、彎曲度、材質等因素。需要實驗者和設計者緊密地配合，慎重地討論決定。
　　通風機的設置位置一般情況應設置在室外，在通風柜本體上部裝置排氣風機時，要限定排氣風機的機種，也就是風機的功率。如果采用集中管道，一臺通風柜工作時，排出的氣體有流入其他通風柜的危險。    
　　設計管道的長度越短越好。如果距離長了，污染物堆積泄露的機會也多，而且管道內的阻力也大，要求風機的功率也大，同時容易產生噪音。管道內的風速一般設為5-7m/s。如果風速超過這個數字，將提高噪音，管道靜壓上升，風機功率提高。因此要根據排風量選擇適當的管道直徑。 
　　通風柜的管道系統用一臺通風機與一臺通風柜，用單一管道連接是目前使用比較廣的一種方式。但是，由于沒有那么多的管道空間，選擇室外安裝的一臺通風機處理多臺通風柜的排風比較經濟等原因，集中管道施工依然很多。
　　排風管道要使用耐腐蝕性高，密封性好，強度高的。一般使用聚錄乙烯制的管道焊接或膠接，以免冷凝水泄漏。也可以使用不銹鋼板、鍍鋅鋼板、玻璃鋼板等制做。因此要根據排出的氣體選擇適當的管道材料。